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申請互聯網藥品信息服務資格證書，應當遵循以下程序。
(一)申請企業必須首先登錄國家食品藥品監督管理局行政事項受理服務頁面，新申請在線填寫公司基本信息。填寫完基本信息后，將生成國家美國食品藥品監督管理局統一發布的《互聯網藥品信息服務申請表》。
(二)完成第一步后，根據各省市食品藥品監督管理部門網上發布的網絡藥品信息服務申請服務指南，直接咨詢各省市食品藥品監督管理部門的有關要求，準備申請資料。
申請材料準備齊全后，可以根據各省市食品藥品監督管理部門的不同要求，也可以在線申報，也可以通過窗口提交。從收到申請材料之日起，將在5個工作日內作出受理與否的決定。如果受理，將發出受理通知。如果不接受，通知申請人并解釋原因。
(四)受理之日起20日內，各省市食品藥品監督管理部門審查申請資料，作出同意或不同意的決定。同意的，發行《互聯網藥品信息服務資格證書》，報國家食品藥品監督管理總局備案發布公告；如果不同意，將書面通知申請人并解釋原因。
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